Rada pro inovace
Dává doporučující stanovisko orgánům JMK a SMB, jak se rozhodovat v otázkách inovační politiky. Schvaluje záležitosti související s řízením RIS JMK - rámec strategie, průběžná hodnocení, Akční plán. Navrhuje, kam zaměřit pozornost. Při významné změně podmínek vyvolává diskusi o aktualizaci strategie. Vyjadřuje se konsensuálně, případně hlasováním. Pověřuje manažera RIS, který je tajemníkem Rady pro inovace, exekutivními úkoly ve spolupráci s Koordinační skupinou. Setkává se dvakrát až třikrát ročně.
Koordinační skupina
Koordinuje realizaci strategie
a provádí doporučení Rady pro inovace. Pověřuje manažera RIS a zástupce realizačních institucí přípravou návrhů řešení a intervencí. Ustavuje časově a tematicky vymezené inovační platformy. K jednání jsou přizývání hosté dle agendy. Setkává se jednou až dvakrát za měsíc.
Inovační platforma
Připravuje v určeném čase návrh řešení pro označenou oblast, případně se i podílí na realizaci navržených opatření. Pověřený vedoucí reportuje výsledky Koordinační skupině, obsazení
a průběh prací je kompetencí vedoucího dané inovační platformy. Frekvence a forma pracovních setkání dle potřeby.
Manažer RIS
Je tajemníkem RI, členem KS a zastává exekutivní roli při řízení RISJMK. Reprezentuje RIS JMK vůči partnerům. Organizačně zajišťuje návazné aktivity, sběr záměrů do Akčního plánu, monitoring a evaluaci. Pozici manažera RIS obsazuje agentura JIC, z. s. p. p., která byla pověřena koordinací implementace
RIS JMK.